Het is de bedoeling dat de schappen worden bestuurd door personen die zelf uit de sector komen of zich daarvoor inzetten, bijvoorbeeld via een brancheorganisatie of werknemersorganisatie. Bestuurders worden voorgedragen door de betrokken organisaties van ondernemers en werknemers.
Een personele unie tussen een bestuurlijke functie in één van de dragende organisaties en het lidmaatschap van het schapsbestuur past dan ook binnen de structuur van de pbo. Een dergelijke personele unie mag het onafhankelijk, zakelijk en onpartijdig functioneren als bestuurslid in HBD-verband echter niet in de weg staan.
Het bestuur van het HBD is verantwoordelijk voor transparantie met betrekking tot de functies en nevenfuncties van de bestuurders en wil dat de bestuurlijke besluitvorming professioneel, gericht op de wettelijke taak van het HBD, verloopt en niet beïnvloed wordt door belangenverstrengeling van bestuurders, of de schijn daarvan oproept. Daartoe heeft het bestuur een protocol personele unies opgesteld.